La presencia de los religiosos franciscanos en Guatemala se remonta a 1525. En 1530 tenían un humilde monasterio de 5 frailes en Ciudad Vieja, mientras que la nueva capital el monasterio llego a albergar a 80 religiosos.

Hacia finales e 1600, este abarcaba una gran extensión, contando con todas las dependencias propias de un monasterio principal, incluyendo enfermería, clínicas y sobre todo muchas facilidades para los estudios.

Su biblioteca fue una de las mas completas de la época, tenía una imprenta muy productiva la segunda que se estableció en Santiago, y fundaron el Colegio San Buenaventura para los estudios teológicos y filosóficos.

Del vasto monasterio, destruido en 1773, quedan muchas ruinas, se conservan aun algunas partes cubiertas de estuco modelado y algunos vestigios de pintura mural. Su frente se encuentra hoy en día en el atrio de la Merced.

Aparte de una capilla que fue restaurada a principios de 1800 para albergar los restos del hermano Pedro, la iglesia de San Francisco no fue realmente restaurada sino más bien fue reconstruida, no sin servir duras criticas de historiadores y arquitectos que defienden la conservación de los monumentos coloniales en su forma original. 

Inaugurada en 1702, su constructor fue Diego de Porres. Su fachada de columnas salomónicas es típica del barroco hispanoamericano, contiene dieciséis hornacinas e igual numero de imágenes modeladas en estuco que originalmente eran policromadas.